Türkiye ile Japonya arasındaki dostluğun temelleri 19.yüzyılın sonlarına uzanmaktadır.
Sultan İkinci Abdülhamit’in Japon İmparatoru Meiji’ye mukabil hediyelerini ve dostluk mesajını götürmek üzere 1890 yılında Japonya’yı ziyaret eden Ertuğrul Fırkateyni dönüş yolunda Kushimoto açıklarında batmış ve 532 denizcimiz yaşamını yitirmiştir. Bu elim olay sonrasında önce Oşimalı Japon köylülerin denizcilerimizin kurtarılmalarına yönelik gayretleri, kazanın duyulmasıyla birlikte de Japon halkı ve makamlarının yaralılarımız ile şehitlerimizin ailelerine yönelik ilgi ve yardım kampanyaları Türk-Japon dostluğunun temellerini oluşturmuştur.
Bu bağlamda İran-Irak Savaşı sürerken 1985 yılında Tahran’da mahsur kalan çok sayıda Japon vatandaşının Japon makamlarının yardım çağrısı üzerine Türk Hava Yolları tarafından Japonya’ya götürülmeleri de ilişkilerdeki bir diğer insani dönüm noktasını teşkil etmiştir.
Türkiye ile Japonya arasındaki diplomatik ilişkiler 1924 yılında kurulmuş, Japonya nezdindeki ilk temsilciliğimiz 1925 yılında faaliyete geçmiştir.
2013 yılında “Stratejik Ortaklık” düzeyine yükseltilen siyasi ilişkilerimiz karşılıklı üst düzey ziyaretlerle hızla gelişmektedir.
Sayın Cumhurbaşkanımız en son 27 Haziran-1 Temmuz 2019 tarihlerinde G-20 Osaka Zirvesi vesilesiyle Japonya’yı ziyaret etmiştir.
Sayın Bakanımız 4-6 Kasım 2018 tarihlerinde Japonya’ya ikili düzeyde resmi ziyarette bulunmuş, 22-23 Kasım 2019 tarihlerinde G20 Dışişleri Bakanları Toplantısı vesilesiyle Nagoya’yı ziyaret etmiş, dönemin Japonya Dışişleri Bakanı Motegi’yle biraraya gelmiş, ayrıca Nagoya Başkonsolosluğumuzun açılışını gerçekleştirmiştir.
Sayın Bakanımız, ikili ilişkilerin güçlendirilmesine sağladığı katkılar nedeniyle Japon İmparatoru tarafından 2019 yılında Devlet Nişanıyla taltif edilmiştir.
Son olarak, dönemin Japonya Dışişleri Bakanı Toshimitsu Motegi 20 Ağustos 2021 tarihinde ülkemizi ziyaret etmiştir.
Japonya ile Türkiye arasındaki köklü ilişkilerin geliştirilmesi ve iki halk arasındaki bağların daha da güçlendirilmesi amacıyla geçmişte özel etkinlikler düzenlenmiştir. Bu çerçevede, 2003 yılı "Japonya'da Türkiye Yılı", 2010 yılı “Türkiye’de Japon Yılı”, 2019 yılı ise “Japonya’da Türk Kültür Yılı” olarak kutlanmıştır.